1999年3月11日，学校决定对校办企业进行清理整顿。
1999年4月12日，本校参加天安门国庆游行红旗方队开始组建。
1999年6月10日，本校参加“九五”国家重点课题“整体构建学校德育工作体系”子课题活动
1999年6月14日，本校结业及在读研究生课程的教师达31名。
1999年9月30日，本校决定12名青年教师为低职高聘教师。
1999年9月28日，本校颁布实行《教师辅导学生参赛获奖、发表论文的奖励办法》。
1999年11月5日，本校被首都精神文明建设委员会评为“首都先进少年军校”。
1999年12月15日，学校为各教研组、年级组各科室配备微机。
1999年12月26日，校刊《运河苑》创刊号出版。